Outils : toxicogénomique /
composantes informatiques
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de l'eau potable et modélisation pharmacocinétique |
Épidémiologie environnementale | Toxicogénomique
Présentation de l'unité :
Microréseaux | Composantes
informatiques | Logiciels |
Équipement de laboratoire | Présentation
de l'équipe
Station d'analyse de données
de microréseaux
Une station de travail puissante est mise à la disposition
de l'unité de toxicogénomique pour traiter les énormes
quantités de données générées
par les expériences de microréseaux. Les logiciels installés
permettent aux chercheurs d'analyser les images numérisées,
de visualiser graphiquement et d'effectuer les analyses statistiques
toutes ces données.
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Station de travail Intel :
- 4 CPU de 2,53 GHz - 1 Go RAM
- 72 Go disque dur (Raid 0 : mirror)
- Lecteur DVDR Pionneer
- Logiciels
- Windows XP
- Genespring 6.1 (R-statistics suppl)
- MS Office 2000
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Station de capture et d'analyse d'images
de microréseaux
Le lecteur de microréseaux est relié à l'ordinateur
où l'image est facilement capturée et analysée
pour convertir les données numériques en images de
microréseaux.
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L'ordinateur est un Pentium :
- 4,1 CPU de 1,8 GHz - 256 Go RAM
- 80 Go disque dur (Raid 0 : mirror)
- Logiciels
- Windows 2000 NT
- ScanArray (PE)
- QuantArray (PE)
- MS Office 2000
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Cette station a aussi un ScanArray Express de Perkin Elmer
ayant les caractéristiques suivantes :
- Possibilités de balayage par laser confocal
- 5-50 µm résolution
- 2 lasers (rouge et vert) extensibles à 5
- multiple filtres à émission
- 20 lignes par seconde (<2,5 min @ 10 µm pour 30 mm x 20 mm)
- 16-bit dynamic range au dessus de 4 ordres de magnitude
- 5% CV au niveau de la "répétabilité"
et l'uniformité
- 0,05 molécules fluorescentes/µm²
- Ajustement continu de la puissance du laser et contrôle
PMT
- Autofocus
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Serveur et base de données
Le serveur est utilisé pour sauvegarder les données générées
à partir des divers études de microréseaux
(fichiers d'images, données, résultats d'analyse).
De plus, toute l'information sur les procédures expérimentales
et sur les échantillons biologiques qui ont été
utilisés durant les expériences, sont sauvegarder
sur ce serveur.
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Serveur Linux :
- Pentium Xeon MP, 4 CPU de 1,9 GHz - 8 Go RAM
- 36 Go disque dur (Raid 0 : mirror)
- 750 Go Hot-Swappable SCSI disques durs (6 disques Raid 5)
- Lecteur de bande SDLT 160/320 Go
- Logiciels
- Red Hat FEDORA core 1
- MySql 3.23.58-4
- Apache 2.0.47-10
- PHP 4.3.3-6
- Base 1.2.10
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Collaborateurs
Les collaborateurs ou les clients peuvent avoir accès à
leurs données directement au serveur via le logiciel BASE.
Pour y arriver, il suffit d'avoir un navigateur (ex. Explorer, Netscape,
etc.) et un accès internet. Le serveur peut assurer la connexion
de plusieurs client à la fois.
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