Outils : toxicogénomique / logiciels
Introduction | Biomarqueurs | Contaminants
de l'eau potable et modélisation pharmacocinétique |
Épidémiologie environnementale | Toxicogénomique
Présentation de l'unité :
Microréseaux | Composantes
informatiques | Logiciels |
Équipement de laboratoire | Présentation
de l'équipe
Le logiciel ScanArray est utilisé pour contrôler l'appareil de lasers confocal
ScanArray Express de Perkin Elmer. Ce logiciel génère des images
en format tiff pour améliorer l'analyse et la quantification
des microréseaux.
QuantArray est un programme d'application d'analyse de microréseaux qui détermine
l'intensité de la fluorescence des divers points apparaissant sur
l'image générée. Chaque point représente la fluorescence d'un gène
qui a été marqué avec un colorant fluorescent spécifique. Ceux ci
sont analysé à l'aide de l'excitation et de l'émission des marqueurs
fluorescents par l'utilisation de lumières à longueurs d'ondes spécifiques.
GeneSpring est un outil puissant de visualisation et d'analyse
de données de microréseaux, conçu pour mieux comprendre les données
d'expression génique. Il est capable de montrer et d'analyser de
grands ensemble de données sur de simples ordinateurs. Développé
pour un usage académique ainsi que pour les compagnies de biotechnologies
et pharmaceutiques, ce logiciel fourni des outils statistiques flexibles
analysant des données à partir de pratiquement n'importe quelle
source.
BASE (Saal et coll. Genome Biol. 2002, Jul. 13:3(8): Software0003e)
BioArray Software Environment (BASE) est une base de données complète pouvant
contrôler la quantité massive de données générées par l'analyse
de microréseaux. En somme, ce logiciel contrôle l'information sur
le biomatériel, les données brutes et les images, tout en offrant
une normalisation intégrée des plugiciels (plugs-in) ainsi que des
outils d'analyse et de visualisation des données. Il utilise une
interface web pour interagir avec les bases de données MySQL en
utilisant un serveur Apache et le langage PHP par exemple.
Minimum
Information About a Microarray Experiment
(MIAME). MIAME décrit ce minimum d'information dont on
a besoin pour interpréter les résultats de l'expérience
sans ambiguïté et pour la reproduire éventuellement.
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